У сакавіку 1991 года галіновы прафсаюз быў зарэгістраваны Міністэрствам юстыцыі. Па-новаму сталі складвацца яго ўзаемаадносіны з ФПБ, органамі заканадаўчай і выканаўчай улады краіны, органамі ўладных структур на месцах.

Ужо ў гэты перыяд абноўлены галіновы прафсаюз, які дзейнічаў у рамках прававога поля, выкарыстоўваў усе формы і сродкі барацьбы за ўзмацненне сацыяльна-эканамічных гарантый для работнікаў галіны і навучэнцаў.

Дзякуючы сумесным намаганням Рэспубліканскага камітэта прафсаюза і Міністэрства народнай адукацыі Рэспублікі Беларусь, у 1991 годзе двойчы павышаўся заробак педагагічных работнікаў, у выніку чаго ён ўзрос ў 2,5 разы. Павялічыліся стыпендыі студэнтам і навучэнцам. Упершыню ў галіне быў утвораны прэміяльны фонд у памеры 2 працэнты ад агульнага фонду заробку, уведзена дыферэнцыраваная аплата працы ў залежнасці ад катэгорыі. Устаноўлены 10-працэнтныя надбаўкі за навучанне і выхаванне на беларускай мове. Двойчы павышаўся заробак работнікам вышэйшай школы. 3 мая 1991 г. упершыню складзена галіновае пагадненне Рэспубліканскага камітэта з Міністэрствам народнай адукацыі. Патрабаванні па ўзмацненню сацыяльна-эканамічнай абароненасці работнікаў галіны двойчы на працягу года накіроўваліся ў Вярхоўную Раду, Урад, былі падмацаваныя масавымі прафсаюзнымі калектыўнымі дзеяннямі, аж да забастовак, мітынгаў, пікетавання будынка Дома Урады. У выніку ўдалася дамагчыся задавальнення часткі асноўных патрабаванняў прафсаюза.

І гэта не адзінкавы эпізод. У пачатку 90-х гадоў прафсаюз, борачыся за павелічэнне «беднага» настаўніцкага бюджэту, паляпшэнне ўмоў працы работнікаў галіны, не аднойчы ўдзельнічаў у калектыўных працоўных спрэчках на самыя вострыя сацыяльна-прававыя пытанні: у лістападзе 1991 г. і ў 1992 г. - з Вярхоўнай Радай і Урадам, у снежні 1993 г. і ў студзені 1994 г. - з Урадам краіны. І сутыкаючыся нярэдка з пазіцыяй непрымання таго, што ў асяроддзі педагогаў, як гаворыцца, крыкам крычыць, прафсаюзныя арганізацыі проста былі змушаныя звяртацца да масавых акцый пратэсту: мітынгам, пікетам, папераджальным забастоўкам. Але пратэстныя формы ціску ніколі не ўзводзіліся ў абсалют. Прафсаюз зыходзіў і зыходзіць з пастулату: найбольш канструктыўны метад вырашэння ўсіх сацыяльна-працоўных пытанняў, у тым ліку і самых вострых, адзін - на аснове міжнародна прызнаных заканадаўча замацаваных прынцыпаў і норм сацыяльнага партнёрства. Аб'яднаныя галіновым прафсаюзам прафсаюзныя арганізацыі прадэманстравалі моц прафсаюзнай салідарнасці, сваю здольнасць разам абараняць сацыяльна-эканамічныя і працоўныя правы членаў прафсаюза, карэнныя жыццёвыя інтарэсы настаўніцкіх, навукова-педагагічных, студэнцкіх калектываў галіны.

Да слова, адбывалася запатрабаваная часам аптымізацыя прафсаюзных функцый. У прафсаюзнай рабоце на першы план сталі такім чынам вылучацца прыёмы і метады, якія дазвалялі эфектыўна прадстаўляць і абараняць працоўныя і сацыяльна-эканамічныя правы работнікаў сферы адукацыі.

У гэтым выпадку выключна важна і значна тое, што ў 90-ыя гады ў краіне пры ініцыятыўным удзеле ФПБ, яе членскіх арганізацый была закладзена сучасная прававая база дзейнасці прафсаюзаў і іх аб'яднанняў. У новых умовах прафсаюз здолеў захавацца як найбуйнейшае, уплывовае прафсаюзнае аб'яднанне краіны. Была праведзеная мадэрнізацыя жыццёва важных, ключавых сістэм прафсаюзнага арганізма, у выніку чаго ён здабыў шмат у чым іншае аблічча, адэкватны новаму часу, новаму  дзяржаўнаму і грамадскаму ладу жыцця.

У духу патрабаванняў часу і ў адпаведнасці з заканадаўствам З'езд унёс змены і дадаткі ў Статут галіновага прафсаюза. З улікам тых змен, якія адбыліся за перыяд пасля I з'езду ў палітыцы, эканоміцы, сацыяльнай сферы, а таксама прапаноў першасных прафсаюзных арганізацый была прынятая Праграма асноўных кірункаў дзейнасці прафсаюза работнікаў адукацыі і навукі Беларусі на 1995 - 2000 гг. Яе лейтматыў: перасоўванне цэнтра цяжару прафсаюзнай работы на выкананне ахоўных функцый, арганізацыйнае ўмацаванне прафсаюза, узмацненне адзінства дзеянняў усіх яго складнікаў.

На III З'ездзе Беларускага прафесійнага саюзу работнікаў адукацыі і навукі, які адбыўся 6 красавіка 2000 г., адзначалася, што сумеснымі намаганнямі Рэспубліканскага камітэта прафсаюза і Міністэрства адукацыі атрымалася дамагчыся шматлікіх істотных зрухаў у рашэнні сацыяльна-значных задач: уведзена павелічэнне тарыфных ставак і службовых акладаў за стаж работы па спецыяльнасці і ў галіне да 20 %, а з 1 студзеня 2000 г. - да 30 %; вылучаныя сродкі ў памеры 10 %  ад планавага фонду заработнай платы на надбаўкі стымулюючага характару да ставак заробку і службовых акладаў кіраўнікоў, спецыялістаў і служачых; паніжана тыднёвая нагрузка настаўнікам пачатковых класаў з 20 да 18 гадзін у тыдзень.

Важным дасягненнем стала ўстанаўлннне выплат на метадычную літаратуру ў памеры аднаго мінімальнага заробку асноўным катэгорыям педагагічных работнікаў устаноў асветы, а таксама ўвядзенне даплат за кваліфікацыйныя катэгорыі ў памеры 10 - 30 % стаўкі заработнай платы (службовага акладу).

Па прапанове і пры ініцыятыўным удзеле прафсаюза была прынята праграма "Настаўнік", у выніку выканання якой сярод іншых значных мер былі павялічаныя сродкі на прэміраванне работнікаў з 10 да 20% планавага фонду заработнай платы, ўведзена кантрактная форма наймання спецыялістаў устаноў адукацыі, якія знаходзіліся ў зонах радыёактыўнага забруджвання, з вылучэннем для стымулявання іх работы дадатковага фонду заработнй платы ў памеры 30 %. Такі далёка не поўны пералік зробленага і выкананага пры актыўным удзеле ўсіх органаў галіновага прафсаюза.

III з'езд прафсаюза зрабіў высновы з пройдзенага этапу, прыняў Праграму асноўных кірункаў дзейнасці прафсаюза на 2000 - 2005 гады, унёс змены ў Статут галіновага прафсаюза і пераназваў вышэйшы кіруючы орган прафсаюза ў Цэнтральны камітэт. Было падкрэслена, што галоўныя намаганні прафсаюз будзе і надалей накіроўваць на карэннае паляпшэнне эканамічнага і сацыяльнага становішча ўсіх катэгорый работнікаў адукацыі і навукі, навучэнскай моладзі, пенсіянераў, будзе настойліва змагацца за належнае рэсурсавае забеспячэнне і фінансаванне галіны.

Значныя дасягненні прафсаюза, з якімі ён падышоў да свайго ІV з'езду ў 2005 годзе: вызначана працягласць працоўнага часу да 36 гадзін у тыдзень педагагічным работнікам, якія выконваюць выкладчыцкую працу; зменена тарыфікацыя асобных катэгорый работнікаў па Адзінай тарыфнай сетцы; ажыццёўлена ўдасканаленне даплат работнікам устаноў адукацыі за асобныя віды работ; уведзены пагадзінныя стаўкі аплаты работы для правядзення работ, звязаных з тэсціраваннем, распрацоўкай заданняў па алімпіядах і выкананнем іншых работ; пашыраны пералік катэгорый педагагічных работнікаў, якім прадастаўляецца падоўжаны адпачынак; устаноўлены надбаўкі да 100 % службовага акладу навуковым работнікам структурных падрадзяленняў з рахунку бюджэтных сродкаў; пашырана сфера выкарыстання фонду матэрыяльнага заахвочвання з пазабюджэтных сродкаў на ўсталяванне надбавак, прэміяванне работнікаў, навучэнскай моладзі; урэгуляваны пытанні падліку стажу работы па спецыяльнасці работнікаў недзяржаўных, ведамасных арганізацый галіны.

Разам з тым, нізкая аплата работы маладых спецылістаў не спрыяла іх далейшаму замацаванню ў сістэме адукацыі. Распаўсюджанне ў галіне пачала атрымліваць утоеная форма беспрацоўя – няпоўная занятасць,    а дэмаграфічная сітуацыя ставіла перад прафсаюзам галоўную праблему – занятасць членаў прафсаюза. Пад сумненне было пастаўлена адно з галоўных заваяванняў – адзінства: у віхуры палітычных працэсаў, у якіх прафсаюз часцяком быў залежны ад сітуацыі страціліся арганізацыі, якія заявілі аб сабе як новыя прафсаюзы.

З'езд вызначыў новыя задачы і арыенціры, прыняўшы Праграму асноўных кірункаў дзейнасці на 2005 - 2010 гады, а таксама абраўшы новага лідэра Андрэя Васільевіча Лук'яновіча, глыбока і не па чутках дасведчанага ў праблемах галіны, члена прафсаюза, на чале з якім прафсаюз мусіў як разблытваць клубок сацыяльна-эканамічных праблем работнікаў галіны, навучэнскай моладзі, так і вырашаць самыя актуальныя саюзныя задачы.

Прамежкавыя вынікі выканання Праграмы былі падведзеныя ў 2006 годзе V пазачарговым З'ездам, неабходнасць правядзення якога была абумоўлена вяртаннем у прафсаюз арганізацый, якія выйшлі з яго раней, стварэннем «пярвічак» у прыватным сектары галіны, наспелымі зменамі ў Статуце прафсаюза, а таксама наяўнасцю новых задач, што стаялі перад прафсаюзным рухам краіны ў цэлым і непасрэдна ў галіне. Сярод заваёў справаздачнага перыяду: зніжэнне напаўняльнасці класаў у пачатковай школе, ліцейскіх, гімназічных, класах з паглыбленым вывучэннем дысцыплін і г.д.; удасканаленне кантрактнай формы найму ў галіне, парадку падліку стажу работы па спецыяльнасці, даплат педагагічным работнікам; павышэнне тарыфных ставак работнікаў інтэграваных груп дашкольных устаноў, занясенне змен у парадак правядзення атэстацыі педагагічных работнікаў; захаванне студэнцкіх санаторыяў-прафілакторыяў; узнаўленне правоў на выплаты па дзяржаўным забеспячэнні некаторым катэгорыям сірот, якія праходзяць навучанне.

Прафсаюз працягваў дамагацца забеспячэння годнай аплаты работы ў адпаведнасці з яе аб'ёмамі, якасцю, устанаўлення максімальна магчымага эканамічна абгрунтаванага памеру заработнай платы ў галіне не ніжэй прадугледжанага Праграмай сацыяльна-эканамічнага развіцця Рэспублікі Беларусь на 2006 - 2010 гады, давядзення яе мінімальнага памеру да мінімальнага спажывецкага бюджэту; выдзялення бюджэтных асігнаванняў з мэтай прадастаўлення дадатковага аплачваемага адпачынку, павелічэння тарыфных ставак работнікам дзяржаўных арганізацый галіны, з якімі заключаны кантракты, прадугледжаныя заканадаўствам; удасканалення аплаты працы ППС, работнікаў устаноў дашкольнай адукацыі, іншых нізкааплочваемых катэгорый; увядзення штомесячных кампенсацыйных выплат на ўладкаванне маладых спецыялістаў; удасканалення нарматыўных прававых актаў па пытаннях кантрактнай формы наймання; увядзення выплат у выпадку не падаўжэння кантрактаў з добрасумленнымі работнікамі, якія маюць адпаведную кваліфікацыю.

Чарговы VІ З’езд галіновага прафсаюза адбыўся ў 2010 годзе, значнасць якога, як і працы галіновага прафсаюза ўвогуле, яскрава адлюстроўваюць дакументы з’езда, публікацыі пра яго ў СМІ, размешчаныя на нашым сайце.

Такім чынам, зноў адзіны, абноўлены галіновы прафсаюз працягвае быць моцным, дзейсным, поўным рашучасці выканаць сваю высокую місію – быць годным прадстаўніком, паслядоўным абаронцам жыццёвых інтарэсаў аб’яднанай ім шматтысячнай арміі людзей, чыё жыццё, праца, вучоба звязаны з самай важнай сацыяльнай сферай, у якой – будучыня Беларусі.